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03 janeiro, 2025

BOINC: SOFTWARE PODEROSO DE SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL E COMPUTAÇÃO DISTRIBUÍDA VOLTADO PARA CIÊNCIA CIDADÃ

BOINC - Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (Berkeley Infraestrutura Aberta para Computação em Rede) é sistema de computação que usa tempo o tempo ocioso do seu computador para processar dados de simulação computacional de projetos de ciência cidadã. O BOINC pertence a Berkeley (Universidade da Califórnia) mas o programa é disponibilizado gratuitamente tanto para quem usa em projetos (universidades e centros de pesquisas) tanto para quem doa processamento (no caso dos voluntários).

Mas você deve estar indagando: os centros de pesquisas devem ter seus próprios supercomputadores, porque usa isso? Simples, para se ter supercomputadores precisa-se de orçamento de milhões (R$) e nem toda universidade ou centro de pesquisa do governo está disposto a orçar estes altos custos (principalmente quando a pesquisa não tem um retorno financeiro rápido), nestes casos a computação distribuída do BOINC entra em ação,  onde milhares de computadores em rede na nuvem funciona como um data center e para gerenciar toda essa nuvem de computação voluntária, surgiu o BOINC em 2002, que nada mais é do que um programa que faz todo esse gerenciamento entre a sua máquina que está doando processamento e o servidor do projeto que esta recebendo sua ajuda voluntária.

Abaixo segue um tutorial passo a passo de como ajudar o progresso científico que vai desde busca por civilização inteligente, pesquisas com partículas subatômicas, pesquisas com câncer entre outros projetos. O programa é leve e seguro você nem percebe que o processador está sendo usado, caso seu anti-vírus detecte alguma coisa na hora do download basta ignorar e seguir com o download e instalação.

Na ilustração abaixo mostra os computadores dos voluntários doando processamento através da internet para o servidor do centro de pesquisa que estuda possibilidades de vidas inteligentes em outras galáxias

Dica: para visualizar melhor clique sobre a imagem para expandir.


TUTORIAL

1º Passo: instalação

Para baixar o download deste programa (software) : acesse este link: http://boinc.berkeley.edu e faça o download do BOINC, compatível de acordo com a sua plataforma: (Windows, Linux, Mac) e dispositivos móveis (Smartphones, tablets e videogame), mais adiante farei outra postagem somente sobre como configurar o BOINC para plataforma móveis, no momento a dica é somente para desktops (computadores) que roda o Windows.

Download para Windows
(versão: 64 bits)




Outras Versões
(Linux, MAC, Android etc.)

Aqui nesta lista você escolhe o projeto de acordo com área ou ramo da ciência de seu interesse:  http://boinc.berkeley.edu/projects.php

2º Passo: instalação







2º Passo: adicionar projeto

após escolher a área ou ramo da ciência de sei interesse, vá no BOINC e adicione o projeto de acordo com a ilustração abaixo. 


3º Passo: escolhendo o projeto

após escolher o projeto, busque pelo nome, clique em cima do projeto escolhido e depois clique em: "Next" no rodapé da janela.


4º Passo: criando conta

Observação: ao criar sua conta aqui, automaticamente também ela é criada no site oficial do projeto, basta ir no site oficial e logar com o mesmo login se senha: http://setiathome.berkeley.edu


Finalizando Cadastro e Procurando Equipe

Após adicionar seu projeto e criar sua conta, não esqueça de ir no site do projeto e finalizar o restante do seu cadastro, além de ingressar em uma equipe.


Após abrir a página do site do projeto acesse com o mesmo login que você criou no programa do BOINC quando adicionou o projeto. No passo seguinte é adicionar nossa equipe: procura em teams (ou  adicionar equipe) e na página de procura de equipe digite: "ciência cidadã" e clique em: Procurar




COMO CONFIGURAR O BOINC NO SEU PC?

para usuários amadores, que estão começando no BOINC

1 - deixe a configuração básica da instalação, o BOINC já se instala no PC com as configurações básicas ajustadas, por tanto se você é iniciante não precisa mexer;

para usuários expert avançados
(siga a dicas abaixo)

Depois que você instala o BOINC no seu computador, ele faz as configurações automaticamente, mas se você quiser configurar ao seu gosto, tipo o quanto tempo você quer doar e quanto por % do processador você quer disponibilizar para processamento do BOINC, siga as dicas abaixo:

10% da potência de processamento do CPU para o BOINC: é um programa super leve você nem sente mas se você quiser pode liberar até 100% do processamento (quando o mouse estiver inativo) também pode, pois o BOINC não vai parar o seu sistema (O Windows tem controle total do sistema). É importante não confundir o processador (CPU) com a memória RAM.

20% da memória RAM: quando o PC está em uso e 80% de memória RAM quando o PC entrar em protetor de tela (mouse parado, sem atividade).

1% de espaço do HD: reservado para uso de arquivos do BOINC

5% de espaço do HD: reservado para armazenamento, gerenciamento  e todo processamento do BOINC.

Veja nas ilustrações abaixo como configurar


Preferência de Computação


Outras Opções


Como usar e visualizar o BOINC?

Visualizar versão avançada


Voltar para versão simples (padrão)


Visualizar aplicações corrente


Visualizar protetor de tela do projeto


Lembrando que as configurações são variáveis ou seja você pode ajustar o quanto de memória e de processador quiser, fica a seu critério. Para conhecer mais sobre o BOINC, projetos do BOINC e Usuário BOINC além de Projetos Brasileiros no BOINC, clique nestes links abaixo.



22 abril, 2024

BOINC WORKSHOP 2024

Vem aí o BOINC WORKSHOP 2024 de 29 a 31 de maio no CERN (Centro Europeu de Pesquisa Nuclear) em Zurique (Suíça) você pode participar presencialmente no CERN ou remotamente pela internet. A data para fazer inscrição vai até 6 de maio.

+ Informações:
https://indico.cern.ch/event/1379525/




Perfil de Jerbialdo na plataforma: "SciStarter" https://scistarter.org/profile?for=69009 

Contatos: E-mail: jerbialdo@gmail.com


Estamos fazendo parceria com @SciStarter para alcançar um #ONEMILLIONACTSOFSCIENCE coletivo neste mês de abril durante o #CitizenScienceMonth https://citizensciencemonth.org ! Cada vez que você participa do nosso projeto PORTAL CIÊNCIA CIDADÃ NO MÊS DA CIÊNCIA CIDADÃ https://scistarter.org/portal-ciencia-cidada-no-mes-da-ciencia-cidada isso conta como um Ato!

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10 fevereiro, 2023

COMPUTADORES DE CIDADÃOS CIENTISTAS PROCESSA 92 MIL ANOS DE PESQUISA DO PROJETO OPENZIKA

Em 2016 a Dra. Carolina Horta Andrade da Faculdade de Farmácia da Universidade Federal de Goiás (UFG) criou o projeto: OpenZika. Em maio de 2016 o projeto foi lançado na plataforma do WCG (World Community Grid) que é um projeto de plataforma de mesmo nome de computação voluntária distribuída (um clone do BOINC). Esta plataforma WCG faz simulação computacional de ligações de proteínas e composto pra saber quais proteínas são mais propensas a ligamentos e consequentemente quais compostos seriam melhores adequados pra se transformar em um possível fármaco, no caso do projeto Openzika, uma possível vacina antiviral contra vírus zika. 
Openzika 
(logo)

Além da Dra Carolina Horta Andrade (coordenadora do projeto) há ainda outros colabores como: Dr. Sean Ekins (Collaborations Pharmaceuticals, Inc.) e o Dr. Alexander Perryman (Rutgers University–New Jersey Medical School). Na plataforma WCG foram testados milhões de compostos em busca de possíveis inibidores de vários alvos dos vírus Zika. Em novembro, cerca de 7.600 compostos potenciais foi examinada para testar sua eficácia contra a helicase NS3 (uma proteína do vírus Zika) que permite desenrolar seu RNA duplex. Desse total de 7.600 compostos através do poder de computação do WCG, foi reduzido para 8 compostos, desses 8, cerca de 5 compostos foram verificados como seguros por um estudo realizado na Universidade da Califórnia.

Dra. Carolina Horta Andrade
(autora do Openzika)



Em março de 2017, a equipe do OpenZika entrou na 2ª fase do projeto, onde usaram um servidor para gerar uma grande biblioteca de 30,2 milhões de compostos a serem testados contra as proteínas NS2B-NS3 protease, NS3 helicase e NS5-polimerase. Os testes nesses 30,2 milhões de compostos continuaram até dezembro de 2018, quando a equipe analisou um banco de dados de compostos adicional fornecido pela ChemBridge. A lista de um milhão de compostos foi testada em sua eficácia contra NS5 polimerase, NS5 metiltransferase e NS3 helicase; finalmente reduzindo-o a 55 compostos de interesse. Os resultados foram enviados para a Universidade da Califórnia para avaliação no vírus, bem como para a Universidade de São Paulo para avaliação com as proteínas do vírus Zika em julho de 2019. 

Protetor de Tela executando a aplicação do OpenZika na plataforma WCG (World Community Grid)  


Após os cálculos maciços de docking, os compostos foram filtrados usando modelos de aprendizado de máquina desenvolvidos pelo grupo LabMol para identificar aqueles que eram citoprotetores contra a infecção pelo vírus Zika. Em seguida, os compostos que se previa passarem pela barreira hematoencefálica foram retidos, a fim de selecionar aqueles que poderiam neutralizar os efeitos do vírus no sistema nervoso central. Finalmente, uma inspeção de química medicinal identificou e selecionou compostos com características desejáveis presentes em medicamentos Dos quase 404 milhões de resultados gerados pelo WCG, totalizando quase 93 mil anos de computação, 61 acertos foram priorizados para teste. 
Estatísticas do Openzika


Usando ensaios enzimáticos e fenotípicos, cinco compostos foram finalmente selecionados, pois inibiram a função ou desestabilizaram as três proteínas virais de interesse, protease NS2B-NS3, helicase NS3 e polimerase NS5. Testes adicionais identificaram 8 compostos como capazes de proteger as células da morte causada pelo vírus, ao mesmo tempo em que apresentavam baixa toxicidade celular em células derivadas de fígado e rim. Os dois conjuntos de 5 e 8 moléculas se sobrepõem para dois compostos, denominados pelos autores de “LabMol-301” e “LabMol-212”. Em 2019 0 projeto Poenzika concluiu todas etapas do projeto Openzika na parte virtual do WCG e partiram paro laboratório para testar na prática estes compostos.  Ao todo cerca de 80 cidadãos cientistas (voluntários) contribuíram com 92 mil anos de computação para o projeto Openzika. 

92 mil anos de doados em poder de computação para  o projeto OpenZika 


Em 2022 os autores do projeto publicaram no Journal of Chemical Information and Modeling (JCIM) um artigo intitulado: Discovery of New Zika Protease and Polymerase Inhibitors through the Open Science Collaboration Project OpenZika (Descoberta de novos inibidores de polimerase e protease do zika por meio do projeto de colaboração em ciência aberta OpenZika). Com todos autores, co-autores e colabores: (Melina Mottin, Bruna Katiele de Paula Sousa, Nathalya Cristina de Moraes Roso Mesquita, Ketllyn Irene Zagato de Oliveira, Gabriela Dias Noske, Geraldo Rodrigues Sartori, Aline de Oliveira Albuquerque, Fabio Urbina, Ana C. Puhl, José Teófilo Moreira-Filho, Guilherme E. Souza, Rafael V. C. Guido, Eugene Muratov, Bruno Junior Neves, João Hermínio Martins da Silva, Alex E. Clark, Jair L. Siqueira-Neto, Alexander L. Perryman, Glaucius Oliva, Sean Ekins, and Carolina Horta Andrade).

Fonte:

ACS Publications: JCIM - Journal Chemical Information and Modeling https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.2c00596 

LABMOL - Laboratório de Planejamento de Fármacos e Modelagem Molecular http://www.labmol.com.br 

UFG – Universidade Federal de Goiás (Projeto OpenZika): http://openzika.ufg.br/help-to-fight-zika/?lang=pt-br 

04 junho, 2020

OPENPANDEMICS: VOLUNTÁRIOS JÁ DOARAM 6000 ANOS DE COMPUTAÇÃO PARA O COVID-19

OpenPandemics-COVID-19 é mais novo projeto científico de ciência cidadã de autoria do ForliLab (Scripps Resear Institute) o projeto é hospedado na plataforma World Community Grid (WCG). OpenPandemics-COVID-19 é um projeto para fazer pesquisa de simulação computacional de proteínas de fármacos com o SARS-CoV2 candidatos à possíveis vacinas contra o COVID-19 (doença causada pelo novo coronavírus) e que gerou uma pandemia no mundo. 

5972 Anos de Computação Doados por Voluntários


Este projeto lançado em Maio de 2020 já doou processamento computacional equivalente há 6000 anos, ou seja se um único computador fosse usado pra fazer toda essa simulação computacional, levaria cerca de 6000 anos, mas você pergunta como que um computador comum faria isto em apenas um espaço de 1 mês após lançamento? Simples a base do WCG possui 700 mil voluntários cadastrados e 6 milhões hots de de dispositivos, deste total de voluntários cerca de 5% são voluntários ativos, ou seja,  somando apenas dados conservadores temos em média cerca de 30 mil voluntários doando processamento 24 horas por dia, 7 dias por semana e muitos voluntários costuma usar mais de um dispositivo, nestes projetos.

Interface da página do OpenPandemics - COVID-19


World Community Grid (WCG) é uma plataforma de computação distribuída voluntária, gerida por uma filantropia da IBM. Para quem já conhece o WCG ou o BOINC (Berkeley Open Infrastucture For Network Computing) já sabe o que estou falando e para quem não sabe, vou dar uma explicada de forma resumida. Tanto o WCG quanto o BOINC, são plataformas de computação distribuída voluntária, onde hospeda aplicações de projetos científicos para simulação computacional e os softwares dessas plataformas instalados nos computadores ou smartphones dos usuários doam processamento computacional para estes projetos enquanto seu computador está em protetor de tela ou até mesmo durante seu trabalho (dependendo da forma que você configurar) se quer doar somente quando PC estiver parado ou durante seu trabalho na frente da tela. Bom já dei uma resumida, o WCG é um genérico do BOINC, isto mesmo o WCG nada mais é do que o mesmo código fonte raiz do BOINC, levemente modificado pra atender o critérios da gestora filantrópica da IBM, voltados mais para projetos científicos ambientais, saúde e energia limpa.

Aplicação do OpenPandemics-COVID-19 rodando no Notebook



OpenPandemics - COVID-19 é um projeto de autoria do ForliLab (Scripps Resear Institute) um instituto americano de pesquisas com campus na Califórnia e na Florida. Para quem já conhece o WCG e BOINC já sabe usar e instalar, e para quem é usuário novo, você pode baixar tanto software do WCG quanto o BOINC que roda a mesma mesma aplicação do OpenPandemics - COVID-19. No caso de baixar o WCG no próprio site é necessário criar uma conta pra baixar o download, depois depois da conta criada siga o exemplo da ilustração da imagem abaixo de como fazer o download do programa.

Clique neste link: para criar uma conta de usuário


Criando Conta e Baixando Download
(selecione o sistema operacional do seu computador e baixe o download)



Selecionando Aplicações do WCG

Depois de você ter criado a conta e esta logado, clique em: My Contribution - My projects e selecione a aplicação: OpenPandemics-COVID-19, se preferir pode marcar outros projetos ou todos projetos também fica critério se você quer doar processamento computacional somente pro OpenPandemics-COVID-19 ou se quer doar pra todos ou alguns selecionados, não esqueça de clicar em salvar lá em embaixo no rodapé da página.


Para instalar pelo BOINC siga este tutorial 

Fonte:

WCG - World Community Grid (OpenPandemics - COVID-19)
https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

Scripps Research Institute: https://www.scripps.edu/

ForliLab: https://forlilab.org/members/


SOBRE  O AUTOR


08 abril, 2019

O CIDADÃO CIENTISTA JERBIALDO FOI INDICADO PELA 2ª VEZ COMO USUÁRIO DO DIA PARA UM PROJETO DO BOINC

O cidadão cientista Jerbialdo foi indicado pela 2ª vez como usuário do dia para um projeto do BOINC - Berkeley Open for NetworkComputing, desta vez a indicação foi para o projeto Universe@Home, a indicação aconteceu em 3 de março de 2019 e é válida por 1 dia (24 horas), nada mal para um jovem brasileiro de cá do outro lado do mundo no oceano atlântico, apesar de não ser remunerado (pois o projeto é voluntário), mas a gratificação é enorme, no meio de 29 mil usuários eu ser o escolhido do dia não tem palavras pra descrever tamanha alegria.

USUÁRIO DO DIA
(Universe@Home)


Ranking

Universe@Home




A minha 1ª indicação  para usuário do dia para um projeto do BOINC aconteceu em 12/03/2016 isso significa que de todos os 74 mil voluntários de 192 países, eu fui o que mais dou processamento dos meus computadores para este projeto neste dia. Parece simples, mas não é uma coisa fácil de acontecer, pois participo do BOINC desde 2013 e essa é a primeira vez em que me tornei usuário (utilizador), além outros voluntários do mundo que usam máquinas mais potentes tipo i7 da INTEL com várias máquinas ao mesmo tempo e com poder de renda maior que dos brasileiros, no meu caso utilizei dois PC's sendo um com processador de 1,6 GHz e 4 GB de RAM e o outro PC com um processador de 2 GHz e 1 GB de RAM, considerado modesto para padrões moderno, a diferença é que o meu fica ligado ambos quase que praticamente 24 horas (dia e noite) sem parar, vez ou outra na madrugada desligo, mas geralmente todos os dias estão processando dados para o Asteroids@home através da plataforma BOINC além de outros mais de 30 projetos que usa o BOINC onde sou colaborador. O Asteroids@home é um projeto voluntário de computação distribuída desenvolvido no Instituto Astronômico da Universidade Charles de Praga na república Tcheca em cooperação com o voluntário Radim Vanco de equipe tcheca Czech National Team e é dirigido por Josef Durech. O projeto virtual Asteroids@home é executado na infra-estrutura Berkeley Open for NetworkComputing (BOINC ) plataforma de software e usa o poder dos computadores dos voluntários para resolver o problema de inversão curva de luz para muitos asteroides.

USUÁRIO DO DIA
(Asteroids@Home)




Ranking


Asteroids@Home


BOINC Combinado
(Estatísticas Gerais)

 

Projetos




CERTIFICADOS DOS PROJETOS


Asteroids@Home




Universe@Home



CERTIFICADOS DE OUTROS PROJETOS DO BOINC



Mais informações:


SOBRE  O AUTOR

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MINHA LISTA DE PROJETOS NO BOINC

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